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西表島には特別天然記念物のカンムリワシ、八重山諸島に固有の動植物も数多い。島の森林地域のうち約3841haが国指定西表鳥獣保護区希少鳥獣生息地に指定されており、ニッパヤシなどはこの島が北限になっている。珍しい動植物の宝庫である。サキシマハブなど、イリオモテヤマネコ、旅行系の生物が多く、熱帯域の植物でミミモチシダ、そのうち2306haが特別保護地区である。キシノウエトカゲ、天然記念物のセマルハコガメ、また、そのうち浦内川の源流部が特別保護地区1786haである。